单位下设办公室、组织与人事处（含纪委、工会、团委）、科技外事处、财务处、纪检监察室、离退休工作管理处、文印室、综合服务中心等管理与服务处室，国土资源规划所、国土资源产业经济所、国土资源政策法规研究室、资源资产与市场研究室、环境经济研究室、资源经济管理研究室、国土资源预算定额中心、国土资源标准化中心、矿产资源节约与综合利用技术处、矿业权管理技术处、国土资源部资源环境承载力评价重点实验室、国土资源信息研究中心、中国地质矿产经济学会办公室、《中国国土资源经济》编辑部等业务处室，挂靠单位有：中国地质矿产经济学会秘书处、全国国土资源标准化技术委员会秘书处、中国矿业权评估师协会秘书处、国土资源公益行业科研专项管理办公室、全国国土资源经济研究高级职称评审委员会、博士后工作站。
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